アフィニティークロマトグラフィー（Affinity Chromatography: AFC)は、生体内での生物特異的相互作用（例: 酵素／基質、抗体／抗原、ホルモン／レセプターたんぱく質など）を利用した分離モードです。生物特異的に相互作用する一方の物質（リガンドと呼ばれる）を固定相に導入・固定化することで、他方の物質を吸着分離することが可能になります。このような生物特異的相互作用を利用することで、分離選択性が非常に高い分離を行うことが可能です。
AFC用の充填剤は大きく分けて2種類のタイプが用意されています。既にリガンドが固定相に導入され、すぐに分離・分析が可能なタイプと固定相に活性化型の官能基が導入されており、使用者が自分でリガンドを固定化して使用するタイプとがあります。
前者には抗体特異的AFC用充填剤であるTOYOPEARL® AF-rProteinA シリーズや群特異的AFC用充填剤である、AF-Blue HC-650、AF-Red-650、AF-Chelate-650及びAF-Heparin HC-650があります。
後者の活性化型AFC用充填剤には、TOYOPEARL AF-Epoxy-650、AF-Amino-650、AF-Formyl-650、AF-Carboxy-650、AF-Tresyl-650があります。